С помощью Волшебного Школьного автобуса ребята получают возможность своими глазами увидеть то, о чем рассказывают в учебниках. Например, совершить путешествие внутри человеческого тела!

Дети, вместе с необычным педагогом мисс Фризл, проходят урок о человеческом теле и посещают экскурсию в музее науки. Но на обратном пути волшебный автобус сжимается и почти все дети вместе с автобусом оказываются внутри одного из учеников! Тут начинаются две параллельные истории - внутри мальчика, который проглотил автобус, и внутри волшебного автобуса, который проглотил мальчик.